合同纠纷中，因发票引发的争议通常有两种。

第一、买方以卖方已开具发票为由抗辩，主张款项已经付清；

第二、买方以卖方未开具发票为由抗辩，不应先支付货款，没有违约。

我们先来看一个案例：

A公司与B公司签订《买卖合同》。A公司已交付所有货物，现要求B公司支付货款。但B公司答辩：A公司已经开具所有合同价款的发票，可以证明货款已经付清。

那么，B公司的理由是否成立呢？

要解答这个问题，就要先了解：发票在什么情况下可作为已付款凭证。

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根据《中华人民共和国发票管理办法》，发票是收付款凭证，对收付款行为具有一定证明力。

根据《最高人民法院关于审理买卖合同纠纷案件适用法律问题的解释》第8条的规定，买受人以发票证明已经履行付款义务，存在一个前提，即双方之间以发票作为付款凭证是一种交易习惯。在这种情况下，若有相反证据足以推翻买受人的证明的，人民法院不予支持。

综上所述，发票虽是收付款凭证，通常不能直接作为已付款凭证，而是要在一定条件下（交易习惯是即时结清的情况），才能成为证明已付款的证据。

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本案中，法院最终认定，发票具有结算功能，但在不是现金交易的情况下仅持有发票并不能作为付款已完成的依据。本案亦非即时结清的现金交易，属于商业交易中的赊账交易，故B公司的抗辩理由不成立。

发票持有人应该提供支付款项的凭证（支票存根、转帐记录、现金收条收据等），用以证明付款的事实。因此，B公司仅以持有发票而主张付清货款，依据不足，A公司胜诉。

为避免出现情况一，我们建议，企业可以进行如下优化：

第一、从合同条款优化

合同条款中约定，发票不作为已付款凭证。

例如：

1、“卖方在货物发出同时开具全额增值税发票（但开具发票并不代表卖方已收到货款）。”

2、“买方在收货后，应以支票、汇票、电汇等非现金方式支付货款，以现金形式支付的，卖方应另行开具现金收款收据。”

第二、从签收程序优化

规范发票签收环节。

例如：卖方开具发票时，注明“收款以转账支付为准”。

发票交接时，要求买方在发票复印件上签字或盖章，并注明“发票原件已收，在XX天内付款”或“发票原件已收，尚未付款”。

我们再看一个案例：

A公司与B公司签订《买卖合同》。现B公司已全部交货，根据合同约定，要求A公司支付剩余货款。但A公司答辩：B公司未开具剩余货款发票，支付货款的条件尚未成就，所以拒绝支付剩余货款，并不承担违约责任。

那么，A公司的理由是否成立呢？

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《合同法》第60条规定，当事人应当按照约定全面履行自己的义务。

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在合同关系中，开具发票是一种附随义务同时也是法定纳税义务，但不属于合同法调整范围，在合同纠纷中，法院一般不作处理。

但是，如果双方合同中明确约定开具发票，又明确约定先开票后付款的，开具发票便成了从给付义务。那么，买方不仅有理由要求卖方提供发票，更能以卖方未开具发票为由拒绝付款。

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本案中，由于双方在合同中，并未约定开具发票是付款的条件，故最终法院认定A公司的抗辩理由不成立，B公司胜诉。

为避免出现情况二，我们建议，企业可以进行如下优化：

从合同条款优化

合同中约定，开具发票是付款的条件。

例如：“付款时间：卖方提供有效发票后七日内，买方支付相应合同款项。如卖方不提供发票，买方有权拒绝付款。“

特别提醒：

如企业需开具增值税专用发票，应在合同中明确约定。

例如：“卖方应按约定的金额及期限开具增值税专用发票。“

相关规定

《中华人民共和国发票管理办法》

第三条  本办法所称发票，是指在购销商品、提供或者接受服务以及从事其他经营活动中，开具、收取的收付款凭证。

第六条  对违反发票管理法规的行为，任何单位和个人可以举报。税务机关应当为检举人保密，并酌情给予奖励。

第二十条  所有单位和从事生产、经营活动的个人在购买商品、接受服务以及从事其他经营活动支付款项时，向收款方取得发票。取得发票时，不得要求变更品名和金额。

《最高人民法院关于审理买卖合同纠纷案件适用法律问题的解释》

第八条  合同约定或者当事人之间习惯以普通发票作为付款凭证，买受人以普通发票证明已经履行付款义务的，人民法院应予支持，但有相反证据足以推翻的除外。

《中华人民共和国合同法》

第六十条 当事人应当按照约定全面履行自己的义务。

当事人应当遵循诚实信用原则，根据合同的性质、目的和交易习惯履行通知、协助、保密等义务。